Od zřízení ústavu v roce 1995 se postupně dotvářela oborová struktura ústavu. V současné době se zde pěstuje sedmnáct slavistických oborů zaměřených:

• filologicky (bulharský jazyk a literatura, chorvatský jazyk a literatura, polský jazyk a literatura, ruský jazyk a literatura, slovenský jazyk a literatura, slovinský jazyk a literatura, srbský jazyk a literatura, ukrajinský jazyk a literatura)
• translatologicky (překladatelství ruského jazyka),
• pedagogicky (učitelství ruského jazyka a literatury pro střední školy),
• ekonomicky (polština se zaměřením na oblast firemní praxe, služeb a cestovního ruchu, ruština se zaměřením na oblast firemní praxe, služeb a cestovního ruchu),
• ale také areálově nebo mezioborově (balkanistika, filologicko-areálová studia, ukrajinská studia, literární komparatistika, sdružená jihoslovanská studia)

V podobě úvodů a sporadických předmětů se objevují též bělorusistika, makedonistika a sorabistika (obor zabývající se Lužickými Srby). V současné době má Ústav slavistiky FF MU akreditováno studium ve všech třech formách včetně sedmi oborů doktorského studia. Na ústavu studuje ve všech třech stupních studia řada zahraničních studentů, předmětová nabídka se rozšiřuje zvaním zahraničních přednášejících, rozsáhlá je nabídka zahraničních stáží.